Organizacje pozarządowe rejestrują się jako czynni podatnicy VAT po przekroczeniu limitu obrotu 200 tysięcy złotych rocznie lub dobrowolnie, gdy odzyskanie VAT z zakupów inwestycyjnych jest korzystne ekonomicznie. Rejestracja następuje przez złożenie formularza VAT-R w urzędzie skarbowym przed dokonaniem pierwszej czynności opodatkowanej. Po rejestracji NGO ma obowiązek wystawiania faktur VAT za sprzedaż opodatkowaną, prowadzenia ewidencji zakupów i sprzedaży, składania miesięcznych lub kwartalnych deklaracji JPK_V7 oraz odprowadzania podatku należnego. Część działalności statutowej może pozostawać zwolniona z VAT, co wymaga prowadzenia tzw. proporcjonalnego rozliczenia odliczenia podatku naliczonego od zakupów. Decyzja o rejestracji powinna być poprzedzona analizą skutków podatkowych i operacyjnych, najlepiej z udziałem doradcy podatkowego znającego specyfikę NGO.
NGO i VAT (rejestracja)
Obowiązek rejestracji NGO jako podatnika VAT przy przekroczeniu limitu lub świadczeniu określonych usług